Entornos virtuales de Python con Conda

Conda es un sistema de gestión de paquetes de código abierto y un sistema de gestión del entorno. Conda instala, ejecuta y actualiza rápidamente los paquetes y sus dependencias. Conda permite crear entornos de Python2 o de Python3 en su directorio personal.

Solicitar trabajo interactivo

En esta sección listamos los pasos necesarios para instalar el manejador de paquetes Conda por medio de la instalación de Miniconda.

Solicitar un trabajo interactivo de la siguiente manera antes de ejecutar el resto de la instalación:

srun -p normal -c 1 --time=01:00:00 --ntasks=1 --pty bash -l

Instalación de entorno con Python

Para crear un entorno virtual de Conda con Python 3.9 primero debemos descargar el script de instalación desde los repositorios de Conda (la última versión soportada por el sistema operativo de cluster es la versión 4.12). Para descargarlo se debe ejecutar:

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

Al finalizar la descarga del script, se deberá de ejecutar el mismo haciendo uso del comando bash, como se muestra a continuación:

bash Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

La ejecución del script mostrará el acuerdo de licencia de usuario, el cual se deberá de aceptar (se puede avanzar más rápido en la vista de la licencia presionando la barra espaciadora). Después de aceptar este acuerdo se debe de indicar un directorio para el entorno virtual. Finalmente, el script preguntará si se desea que el entorno virtual este activado por defecto, lo cual no es necesario.

Notar que este script puede demorar cierto tiempo en completar, específicamente en la fase de Unpacking payload.

Activar entorno virtual

Al igual que con Virtualenv, en cada entorno virtual se creará un archivo de activación que permite activar a ese entorno ejecutando:

source ENV/bin/activate

Instalar paquetes en el entorno virtual

A diferencia de los entornos virtuales creados con Virtualenv que utilizan pip como instalador de paquetes, los entornos de Conda utilizan el comando conda como instalador de paquetes. Para poder instalar un paquete en el entorno virtual se debe ejecutar:

conda install <Nombre_Paquete>

Desactivar entorno virtual

Para salir entorno virtual se debe ejecutar:

conda deactivate

Se sugiere chequear el manejo de ambientes con conda.

Más información en: Conda

Repositorio con otras versiones de Miniconda: Repositorio